温州市社会体育指导中心前身为温州市体育俱乐部。2009年5月，根据温编办〔2009〕10号文件，温州市体育俱乐部更名为温州市社会体育指导中心，工作职能转为协助全市全民健身计划的实施和开展全市性社会体育活动及社会体育指导员的培训、考核等工作。

2010年6月11日，根据《浙江省体育局关于命名浙江体育职业技术学院等13各单位为“浙江省非奥项目发展培训基地”的决定》（〔2010〕216号）文件，温州市社会体育指导中心为“浙江省非奥项目发展培训基地”之一。

2012年4月18日，根据温州市机构编制委员会《关于确定雁荡山风景区旅游管理局等事业单位类别的通知》（温市编〔2012〕27号）文件，确定温州市社会体育指导中心为公益一类事业单位。

2013年2月6日，根据《关于清理规范市直部门培训机构有关机构编制事项的通知》（温市编〔2013〕12号）文件精神，温州市国民体质监测中心并入温州市社会体育指导中心，挂市国民体质监测中心牌子。至此，单位全称改为“温州市社会体育指导中心（市国民体质监测中心），职能转为协助全市全民健身计划的实施和开展全市性社会体育活动及社会体育指导员的培训、考核等工作。承担我市国民体质监测的有关具体工作。

2015年1月，根据温市编〔2015〕16号文件，撤销温州市体育竞赛管理中心，将其承担的相应的职能交由温州市社会体育指导中心承担。至此，中心的职能有：协助全市全民健身计划的实施和开展全市性社会体育活动及社会体育指导员的培训、考核等工作。承担我市国民体质监测的有关具体工作。承担市级以上体育竞赛,表演的组织实施与管理工作等。

2020年3月，根据温编办〔2020〕80号文件，确定中心所需经费由财政全额补助。中心的主要职责是：1、协助组织全市性全民健身计划的实施和开展社会体育活动；2、具体负责全市性的社会体育指导员培训、考核工作；3、组织实施全市性的国民体质监测和测试；4、负责承办市级以上体育竞赛等赛事活动；5、完成温州市体育局交办的其他任务。